Aktaş Gölü, doğal bir oluşum olarak çevresindeki volkanik topografyadan beslenen bir ekosistemdir. Bu göl, yer kabuğundaki hareketlerin bir sonucu olarak meydana gelmiş ve çevresindeki jeolojik yapılarla sıkı bir ilişki içinde varlığını sürdürmektedir. Gölün oluşumu, bölgedeki tektonik aktivite ve volkanik süreçlerin bir araya gelmesi ile şekillenmiştir.

Aktaş Gölü, tektonik kökenli bir göldür. Göl çanağı, güneybatı-kuzeydoğu doğrultulu iki eşik arasında yer alır. Batıda 20-30 metre yüksekliğindeki Kenarbel eşiği ile Çıldır Gölü havzasından, doğuda ise 50 metreye kadar yükselen Karzak eşiği ile ova ve plato sahasından ayrılmıştır. Aktaş Gölü, Çıldır Gölü’nün de içinde bulunduğu Ardahan volkanik platosunun üzerinde konumlanmıştır. Göl havzasının volkanik kayaç formasyonları ile sınırlandırılması, suların yoğun miktarda Na₂CO₃ (sodyum karbonat) içermesine neden olmuştur. Bu durum, volkanik kayaçlardaki sodyumlu feldspatların eriyerek göl sularına karışmasıyla açıklanmaktadır. İlkbaharda gölün debisinin artmasıyla Öncül köyü yakınlarındaki Arkbeli Deresi’nin göl sularını Kura Nehri’ne boşaltması, göl suyundaki Na₂CO₃ konsantrasyonunun azalmasına yol açmıştır.