Amasya Harşena Kalesi'nin gizli tünelleri, bölgedeki tarihi araştırmalar ve restorasyon çalışmalarının bir sonucu olarak gün yüzüne çıkmıştır. 2009 yılında gerçekleştirilen temizlik çalışmaları, kalenin derinliklerinde yer alan bu yapıları keşfetmek için önemli bir fırsat sunmuştur. Tünellerin varlığı, hem yerel halk hem de tarih meraklıları için büyük bir heyecan kaynağı olmuştur.

Amasya Harşena Kalesi'ndeki tünellerin nasıl keşfedildiğine dair farklı bilgiler bulunmaktadır.

• Cilanbolu Tüneli: 2009 yılında, tünelin turizme kazandırılması için başlatılan temizleme çalışmaları sırasında, 170 metreye ulaşılmıştır.
• Zindan Mağarası: 2009 yılında, Amasya Valisi Celalettin Lekesiz, mağaranın temizlenmesi çalışmalarına katılmış ve temizlik sırasında özel bir raylı sistem kurulmuştur.

Ayrıca, definecilerin Amasya'nın Ferhat Dağı eteklerinde 20 metre uzunluğunda bir tünel kazdığı da 2025 yılında haberlere konu olmuştur. Tünellerin keşif süreçleri hakkında daha fazla bilgiye ulaşılamamıştır.