Aizanoi Antik Kenti'nde yer alan Zeus Tapınağı, tarih boyunca birçok farklı dönemde çeşitli koruma ve onarım yöntemleriyle ayakta kalmayı başarmıştır. Bu tapınak, sadece mimari özelliği ile değil, aynı zamanda geçirdiği dönüşümlerle de dikkat çekmektedir. Özellikle Bizans döneminde geçirdiği değişiklikler ve daha sonraki yüzyıllarda yaşanan olaylar, tapınağın tarihsel önemini artırmaktadır. Günümüzde ise yapılan bilimsel çalışmalar ve kazılarla birlikte, tapınağın korunması ve geleceğe taşınması için önemli adımlar atılmaktadır.

Aizanoi Antik Kenti'ndeki Zeus Tapınağı, basit onarımlar ve çeşitli koruma önlemleriyle günümüze kadar ulaşmıştır.

• Bizans Dönemi: Tapınak, bu dönemde kiliseye dönüştürülmüş ve duvarlarına haç motifleri kazınmıştır.
• 13. yüzyıl: Moğol istilası sonrası bölgeye gelen Çavdar Tatarları, tapınağı kale olarak kullanmış, duvarlarına at, okçu süvari, tuğ taşıyan süvari, kopuz çalan insanlar gibi çeşitli figürler kazmışlardır.
• 1970'ten itibaren: Tapınağın korunması için Alman Arkeoloji Enstitüsü himayesinde kazılar başlamış ve 2010 yılına kadar sürmüştür. 2011 yılında ise kazıları Kültür Bakanlığı, Pamukkale Üniversitesi’ne devretmiştir.

Zeus Tapınağı, Anadolu'daki en iyi korunmuş Roma Dönemi tapınaklarından biridir.