Agarak Kilisesi, tarihi boyunca birçok kültürel ve dini değişime tanıklık etmiş bir yapıdır. Orta Çağ'dan günümüze ulaşan bu kilise, bulunduğu coğrafyanın ve dönemlerin izlerini taşırken, mimari özellikleriyle de dikkat çekmektedir. Kaya içine oyulmuş yapısı ve çevresindeki manastır kompleksi, geçmişin izlerini günümüze taşıyan önemli bir tarihsel miras olarak öne çıkmaktadır.

Agarak Kilisesi, tarihsel olarak önemli bir yapıdır çünkü:

• Orta Çağ'dan kalma bir kaya manastırıdır.
• Tao bölgesinde yer alır, bu bölge erken ve geç Orta Çağ'da tarihsel Gürcistan'ın bir parçasıydı.
• Osmanlı dönemi öncesinden kaldığı anlaşılmaktadır.
• Manastır kompleksi, ana kilise ve çevresindeki yapılarla dikkat çeker; kilise kaya içine oyulmuş olup, içinde kesme taşlar ve sıva izleri bulunur.
• Agarak (Ekrek) Kiliseleri, 1920'lere kadar çok eski tarihli bir kubbeli Ermeni kilisesine ev sahipliği yapmıştır, ancak bugün bu kilise tamamen ortadan kalkmıştır; geriye sadece birkaç beton kalıntı kalmıştır.

Bu özellikler, Agarak Kilisesi'ni hem mimari hem de tarihsel açıdan önemli kılmaktadır.